臺東糖廠的前身是臺東製糖株式社會，創立於1913年（大正2年）2月25日，當時製造赤糖。1915年開始製造分蜜粗糖，1916年1月15日卑南新式工廠完工運轉。1943（紹和18年）歸併於明治製糖株式會社。二戰期間於昭和1945初遭盟軍轟炸，廠房及機械設備大部分都被炸毀。
戰後於1946年由臺灣糖業公司派員接管，積極進行廠房修復與蔗作推廣工作，製糖工作順利展開。1950年間，臺東糖廠因成本過高、推廣困難、連年虧損，上級擬予停辦。經當時臺東縣政府、臺東縣議會及地方仕紳一再陳情，臺東糖廠雖為小廠但在臺東則為最大的國營事業，以要發展地方經濟及願意協助廠方推廣植蔗為由，才使得臺東糖廠繼續試辦。其後由於政府積極開發東臺灣，1957年7月以美援在臺東糖廠附設鳳梨工廠，在公司及各界支持協助及全廠員工通力合作下，終於渡過難關，逐漸奠定穩定的經營基礎。
之後難敵工資上漲，運輸成本提高，進口糖價偏低等因素，於1995-96年期製糖工作完工後，奉公司指示取消甘蔗契作和停閉製糖工廠; 1996年7月精簡組織並轉行為服務業。
目前廠房、倉庫，日式宿舍、辦公室，各項生產設備、煙囪，鐵道運輸設施等維護尚稱良好，將進行閒置空間再利用，打造再一次輝煌燦爛的臺糖。

資料來源：文化部文化資產局