鹽水國小校內神社在校門右邊的玉順館後面。鹽水國小的前身是嘉義國語傳習所鹽水港分教場，設立於明治31年(1898)7月1日，同年10月1日則改為鹽水公學校。隨著太平洋戰爭的爆發，日本開始對臺灣實施高壓政策，在此歷史背景之下，鹽水國小校內神社建造於日昭和15年(1940)，屬於正式神社的簡易化設計，坐東朝西，與日治初期因襲日本本土神社坐北朝南的配置略有不同。可以說鹽水國小校內神社是日本皇民化運動之下的產物。
戰後，為了落實儒家文化及符合教育精神，政府將神社改建，並改為孔廟的用途，以宏揚尊師重道之精神，神社原本的用途也就鮮為人知了。2010年高雄甲仙大地震後，神社石燈部分斷裂，現正修復中。

資料來源：文化部文化資產局