馬偕博士抵淡水後，即在其所租之寓所為人診療、供應西藥，不久又增加開刀、拔牙和住院等設施，由於西醫療效快，馬偕博士和其助手又熱忱，尤其是當時民眾廣為瘧疾所苦，馬偕博士的奎寧水(quinine)是特效藥而大受歡迎，因此求診者與日俱增，就在1873年五月另租民房為診所，名為「滬尾醫館」。
當時馬偕博士邀請駐淡水的外國人和洋行所聘的外籍醫師，到醫館主持醫療並傳授醫療技術。同時他也訓練學生和本地傳道人，在各地教會設醫療點，以擴大醫療服務範圍。加拿大也曾派專業醫師華雅各(Dr.J.B.Fraser)前來淡水駐院主持，唯兩年後因其妻病逝淡水而返國，其夫人今仍安葬於淡江中學旁之外僑墓園。中法戰爭曾作為清軍的軍醫院，救護不少傷兵而立功，劉銘傳特頒獎表揚。馬偕也到處旅行為人治療瘧疾和拔牙，在臺灣總共為人拔蛀牙約二萬一千顆。後來，滬尾偕醫館在日據時代，為了擴充規模，遷於臺北市，它就是今日的「馬偕紀念醫院」。
商行堛漱，對馬偕免費為民眾施診的義舉大為讚賞，而且每年都在經濟上予以援助，頭一年即捐獻了美金二百七十二元。1873年1月9日，第一批信徒五人受洗加入教會，馬偕博士除施以神學教育外，及對也們施以簡單之醫理、藥理教育，同時讓他們到「醫館」?媮{床實習，使他們對西方之醫學，具有最起碼的常識，以便在傳教時，能夠隨時隨地幫助病患。後來牛津學堂（神學校）的學生亦都得接受此種教育。他們要前往教會就任傳道之職時，每個人都得攜帶一箱簡單的醫療工具及藥品，以應付急需。所以初期的北部教會，不但是崇拜上帝的聚會地，同時也是一個簡單的醫療站，傳教師都是醫師。到了1879年馬偕得到一位同姓馬偕的美國籍婦人捐款，馬偕利用這筆錢蓋了一棟中西合壁的醫院，就是「滬尾偕醫館」，這間醫院是臺灣第一所西醫院。到1894年每年受診者己逾一萬人次。1901年因為馬偕博士辭世醫館一度關閉，直到1906年加拿大方面宋雅各醫師（Dr.J.Y.Ferguson）來臺重開偕醫館。為因應時代需求而將醫院規模加大，1912年臺北馬偕紀念醫院落成使用，滬尾偕醫館功成身退。此後，醫館院舍八十年間先後曾充作神學院、圖書館、幼稚園和學生宿舍之用，建築體亦多修葺，及至1992年最後整修完畢而成今貌。

資料來源：文化部文化資產局