臺南附近海岸，由荷蘭時期起，經鄭氏時期至清道光2年約200年之期間，安平是一座與臺灣本島不相連接的小島，安平與臺南海岸之間海面，當時稱為臺江灣，古代大型艦船均能進出，水深約在五～六公尺左右。安平為一連串沙洲之一，原名一鯤鯓，安平以南至現在之二仁溪口附近，另有六個沙洲，七個沙洲各稱為一鯤鯓至七鯤鯓，安平以北隔一水道，與北線尾沙洲相望，此水道為進入臺江灣之要道，荷蘭人建築熱蘭遮城（安平古堡）扼守。北線尾之北，隔鹿耳門與隙行港沙洲相望，亦為進入臺江灣要口。
安平舊港口海岸，皆是砂質形成地，大雨時洪水由上流帶土砂流下，受臺灣海峽風浪抵滯，沉積為細長沙洲，南至臺南市下鯤鯓，北連新豐郡安順庄（現安南區），雖成港灣，因四季風浪洪水變化異常，兩處通水處(即舊安平港口)隔水闊約四百公尺，而港口全為淺者沙洲，常起波浪。其間雖有水道，但潮汐時最淺處只不過一公尺左右，且時起變化，風浪後水路位置全變，原有舊港口直線向東通至臺南市舊運河，受土砂之堆積，於滿潮時小舟難行，最後成為臺南市排水溝。 舊運河之咽喉鹽水溪下流至港口間每受洪水流砂堆積，阻塞舟路，運河之價值大失。乃從事港口改良。
日昭和6年（西元1931年）擬於舊港南方1公里，切割鯤鯓半島連接新運河，開築安平新港。日昭和10年（西元1935年）10月開工，經2年5個月，於日昭和13年（西元1938年）3月竣工。築有南北兩座導流堤，長約100公尺，堤內再築甲乙水路護岸。雖然規模不大，但是比舊港口的水深，低潮時水深3公尺，新港幅員100公尺，臺南、澎湖間航行的貨客機帆船及船舶，在干潮時可自由出入。港口南北岸興建有水路護岸，岸端為長160公尺導流堤二條，南北導流提前端設標示燈。從此新港取代舊港，暫時恢復安平港原有威勢，但是位於新港北端的鹽水溪河沙淤塞與河床變動，成為安平港及安平繁榮之致命禍源。
每當雨季洪水氾濫，大量淤砂挾至下游，河口填成一片浮陸，至民國36年（西元1947年），河道南侵20餘公尺，幾將安平切成兩斷，新港口與運河淤成淺溝，不但大型船舶無法入港，小型漁舟也只能於漲潮時進出，安平由國內外港貨吞吐之盛市變成蕭條冷落之小村，安平港也由船舶雲集之海港變成小型漁舟出入之淺水道。
安平港係為臺南市唯一吞吐港，港市興衰關係臺南市繁榮，民國38年（西元1949年），由高雄港務局負責派船挖泥浚深，但是效果不佳。僅能維持五十噸以下船舶出入，外海泥砂淤塞越來越嚴重，長久以後將成廢港，整建安平港乃今日繁榮臺南市急待進行之工作。

資料來源：文化部文化資產局