1961年（民國50年）瑞士籍神父池作基（Rev. Meinard Tschirky，1930-1992）來東河堂區，負責東河地區宣教工作。1968年時，小馬地區教友日增，池神父開始籌建教堂。由傳義（Julius Felder）修士設計，營建經費由池神父向國外募款，部份由當地教友變賣稻穀合力興建，1968年8月20日教堂落成，祝聖啟用，稱天主教小馬聖尼各老堂（Hsiaoma, St. Nicolaus）。
小馬聖尼各老堂是傳義修士來臺後的第三棟作品，鋼筋混凝土造。其錐形屋頂（傳義修士稱斗笠屋頂）引進大量自然光源，灑在祭臺上，營造出神聖而莊嚴的氣氛。祭臺兩側使用彩色玻璃，由傳義修士設計，再請新營的德國修士來施工完成，為臺東地區教堂少見。外觀上最特殊的是使用扶壁的結構，祭臺後方的大理石壁畫裝飾，充分反應傳義修士就地取材的嘗試。
1990年代，為因應臺東市第二公墓遷葬作業，在教堂左後方設置墓園，目前有池作基、紀守常（Rev. Alfred Giger，1919-1970）、周維道（Rev. Viktor Notter，1906-1992）、郝道永（Rev. Friedrich Hort，1908-1985）、滿海德（Rev. Ernst Manhart，1905-1991）等諸位神父在此安息。

資料來源：文化部文化資產局