1954年（民國43年）6月，瑞士白冷會龔岱恩神父（Rev. Josef Guntern，1915-1987）往知本對卑南族傳教，起先租一間茅草屋作為傳道所，後來買了土地，於1956（民國45年）12月8日興建了知本天主堂，稱為「聖母無染原罪堂」。1957年（民國46年）春費道宏神父（Rev. Patrick Veil，1901-1988）繼任，加以擴充，並設立幼稚園、天主教青年集會所等。1959年冬，由蘇德豐神父（Rev. Gottfied Suter，1929-1989）繼任，1962年費神父回任。1972年3月21日，由知本卑南族出身的曾建次神父繼任。由於教會的需要及職務的變動，從1972-1998年，知本天主堂則由曾建次神父、洪源成神父、費道宏神父輪流擔任本堂神父。1998年，曾建次神父被選並祝聖為花蓮教區輔理主教。至2000年，知本堂區才由卑南族的陳春安神父接任。

曾神父對原住民文化素有研究，知本堂帶動知本地區原住民的歲時祭儀也行之有年。曾神父時常與部落族人自省卑南族文化保存之道，並落實在知本堂的建築上。於是在老教堂的斜對面另建新教堂，經費、勞力都由教友奉獻。

教堂是鋼筋混凝土結構，由外而內的裝飾木雕，都是卑南族文化特色的展現。教堂內地面鋪石板，主要空間也是用石板，主要空間也是用石板堆成。祭臺邊緣刻上卑南族的圖騰，讀經臺以『藤』為柱，十字架後的背景材料是桂竹和檳榔。教堂周圍有聖母亭、費道宏神父紀念碑、木雕裝置藝術、石板故事圍牆（建堂歷史和卑南族神話故事）、苦路聖像景觀區等，是原住民文化融入西洋宗教的典範。

資料來源：文化部文化資產局