明永曆19年(西元1665年)勇衛陳永華創建的先師聖廟是屋三進及兩廡,旁設置明倫堂。清康熙23年(西元1684年),臺灣納入清帝國版圖,分巡臺廈兵備道周昌及知府蔣毓英,鑑於鄭氏時期草創的聖廟形制簡陋,因此各捐銀百兩,加以修建,並改稱「先師廟」,懸清康熙御書「萬世師表」聖匾於正殿中,於是廟貌煥然,大別於前。清康熙51年(西元1712年),分巡臺廈兵備道陳璸又大規模修建,內容除了大成殿、啟聖祠外,在櫺星門左右,改置文昌祠、土地祠;外設禮門、義路、大成坊及牆垣。明倫堂前兩廊分到六藝齋;明倫堂後建教官薢舍及齋廚,東邊則建朱子祠,孔子廟總算規模初員。清乾隆14年(1749年),巡臺御史楊開鼎第二次大修孔廟,也成全臺衿士之踴躍急公合力捐修,可想見臺灣府學已獲得普遍的重視。清乾隆42年(西元1777年)臺灣知府蔣元樞「將大成殿東西兩廡及五王殿(即崇聖祠)虔加修整」,清光緒13年(西元1887年),臺灣議准建省,臺灣府更名臺南府,兩年後臺灣府學也改稱臺南府學。日本領臺後,孔子廟充當日軍屯駐所及公學校等,以致遭受嚴重破壞。大正6年(西元1917年),日人採解體修護方式就大成殿、明倫堂、東西康、崇聖祠、東西大成坊、禮門、義路、文昌閣、泮池以及泮宮坊加以重建。至於文昌祠、朱文公祠、明倫堂兩側廂房、萬仞宮牆及欞星門則不再復建,然而於民國68年時(西元1979年)文昌閣重建,並於民國74年(西元1985年)時,展開近期內最後一次大修,並於民國78年(西元1989年)時完成驗收。
資料來源:文化部文化資產局