興賢書院又稱員林文昌祠，為員林地區最早的教育設施。員林街在嘉慶年間時因墾民生活日漸安定、商業繁榮，從學士子增多，地方士紳乃有籌建文昌祠、奉祀文昌帝君之議。
關於文昌祠創建的年代有兩種說法：
一為嘉慶十二年（1807年），由當時武東堡、武西堡、燕霧下堡的士人合力捐建。
另一說法為道光三年（1823年）恩貢生曾拔萃等捐建。

文昌祠初創時期，內設有社學興賢社，供員林地區諸士子結社會友，以為敬業樂群的地方。道光年間，廣東惠州饒平縣廩生邱海渡臺，在員林文昌祠內延用興賢社名稱，自設私塾為「興賢書院」，傳授燕武三堡（武東堡、武西堡、燕霧下堡）從學士子，並將其所得束脩，用於整修書院，購置學田七甲，學租設月課獎金，獎掖後進。邱海去世後，書院不再授課講學。光緒七年（1881年），秀才邱翠英、蕭貞吉、賴萬青、江登甲與陳有光等人勸募三千圓，整修已經逐漸頹傾的書院屋宇。
日治大正時期，員林地區學習漢文風氣興盛，興賢書院管理委員會遂於大正九年（1920年）延聘彰化縣邑漢學世家黃漙造先生傳授漢文，並增建後堂做為山長住所，於是原為單進式的書院，始具有完整的雙進式建築格局。大正十四年（1925年）書院建築再次大規模整修，增建文昌祠前月臺上的歇山拜亭。大正十五年（1926年）黃漙造先生與文友林天爵等人創立興賢吟社，每年春秋二季廣邀中州邑內詩文社共賞聯吟大會，文風遠播。直到昭和十一年（1937年），總督府嚴禁民間教授漢文，興賢吟社活動因而中斷，書院課務亦告停止。昭和十五年（1941年），書院大規模整修，屋面全部改鋪水泥瓦的日本式屋面，廂房簷廊的日式木簷板及正殿重新彩繪，也在此年完成。
臺灣光復後，書院功能轉變成地區性祭祀先聖先賢的文教場所，興賢吟社活動雖一度振興，但隨著民國四十八年（1959年）黃漙造先生的去世，又告衰寂。自此之後，管理委員會委員日漸凋零，信眾漸稀，興賢書院院務惟賴若干委員勉力撐持。
民國七十七年（1988年）始由政府撥款，進行大規模修護工作。民國88年九二一地震，興賢書院全部倒塌，造成書院嚴重的損毀。民國89年鎮公所委任中原大學建築研究室進行書院的構件清理與保存工作，民國91年進行重修，民國94年10月25日完成修護，同年11月12日舉行入火安座慶成大典。

資料來源：文化部文化資產局