新莊文昌祠的主神文昌帝君，原本供奉於新莊慈祐宮中為配祀之神，嘉慶十八年（1813）時，艋舺縣丞曹汝霖倡修慈祐宮，竣工之後尚有餘款，因而倡儀於慈祐宮之右側興建文昌廟，以獨立供奉文昌帝君。
《淡水廳志．典禮志》中有記載：「文昌祠，一在廳治東門內，嘉慶八年同知胡應魁建，道光十七年同知婁雲修。一在新莊街，嘉慶十八年縣丞曹汝霖捐建。一在芝蘭堡，有記。一在桃仔園，同治六年，同知嚴金清諭紳董李騰芳、徐玉衡捐建。一在枋橋街，同治二年，紳士林維讓、維源捐建。」這段文字的記述，說明了新莊文昌祠為北臺第二興建的文昌祠，可以說明新莊於這個時期，已然從早期的移墾社會，漸漸轉型為以士紳為主重視文教的傳統社會。
興建於慈祐宮旁的文昌祠，由於面積過於狹小，待到光緒元年（1875），艋舺縣丞傅端銓邀集仕紳陳式璋等人捐資，將之遷於碧江街現址，一來擴建祠宇，二來於祠廟的左側護龍設崇文閣，兼做義塾之用。日治時期，日人為教導臺人日語，以遂行統治，全面推展學校教育，於明治三十一年（1898）設立「臺北國語傳習所新莊分教場」，借用文昌祠上課，同年，公學校令發佈之後，改傳習所為公學校，「臺北國語傳習所新莊分教場」遂獨立為「興直公學校」，即今日新莊國小的前身，公學校的設立，取代了原本義塾的功能，但文昌祠之崇文閣並未停辦，仍持續漢文補習教育，直到日治末期，日本人強行推動皇民化運動時，禁絕漢文教育，始停辦義塾教育。
祠中除奉祀主神文昌帝君於正廳外，還奉祀其左右侍從神天聾、地啞，左廳祀奉魁星夫子，右廳則供奉歷代聖賢牌位。

資料來源：文化部文化資產局