日治時期臺南知事官邸建築曾有數次主要用途變遷，而在1901~1920年間其雖非作為首長官邸之用，但亦轉用為多種不同的用途機能；二戰後，其不復做為官邸使用，而由數個官方機構進佔使用，過程曲折。此建築之使用機能變遷經彙整可分為以下階段：
一、「臺南縣知事官邸」時期（1900-1901年）：
創建之初係計畫用來作為首長官邸「臺南縣知事官邸」，當時之縣知事為今井艮一（任期自1900年至1901年11月）。由於現存臺南知事官邸原始公文中多有今井艮一之簽署核可，可確定臺南知事官邸新建工程可視為其任內相當重要的大型工程。
二、多用途使用時期（1901-1920年）：
1901年11月廢縣置廳以後，臺南廳的首長官邸由此官邸搬遷至附近的「臺南廳長官舍」，當時首任臺南廳廳長為山形修人。此一時期原知事官邸建築係由臺南廳代管，其「日本造（和館）」部分曾借予陸軍使用，而曾轉用為「旅團長官邸」；洋館部分曾作為「臺南廳廳員之讀書俱樂部」…等用途，但其最主要名稱與定位，則為總督至臺南巡視時之「總督臺南官邸」與皇族至臺南巡視時之「御泊所（行館）」。由於此一階段開始其兼有總督官邸與皇族行館之功能，因此包括日本閑院宮戴仁親王夫婦於1908年10月25日與1916年4月21-22日、北白川宮成久王夫婦於1916年10月25-26日、久彌宮邦彥王夫婦於1920年10月24-26日…等皇族訪問臺南時宿泊的行館皆設於此。
三、「臺南州知事官邸」時期（1920-1945年）：
1920年改廳設縣，末代臺南廳長枝德二轉任初代臺南州知事，臺南州的首長官邸再度搬遷回原知事官邸建築，並改稱「臺南州知事官邸」，由此時起曾居住於此之歷任州知事包括枝德二、吉岡荒造、松井榮堯、喜多孝治、片山三郎、永三止米郎、名尾良辰、橫光吉規、今川淵、藤田傊治郎、川村直岡、石井龍猪、一番瀨佳雄、宮木廣大、宮尾五郎等人；此一階段其仍兼有總督與皇族行館之功能，因此包括日本東宮太子裕仁與隨行的伏見宮博義王於1923年4月20日、秩父宮雍仁親王於1925年6月2日、高松宮宣仁親王於1926年4月10日、北白川宮大妃富子於1926年10月29日、朝香宮鳩彥王於1927年11月10-11日、久邇宮邦彥王於1928年4月6-7日、愛國婦人會總裁宮東伏見宮依仁親王妃周子於1929年10月28日、賀陽宮恒憲王於1931年6月13日、伏見宮博英王於1933年7月98日、軍令部總長伏見宮博恭王於1934年9月26日、朝鮮（昌德宮）李垠王於1935年1月23-24日、東久邇宮稔彥王於1937年6月13日…等皇族訪問臺南時宿泊的行館皆設於此。
隨著中日戰爭爆發（1937年）與日本投入二次世界大戰（1941年），臺灣亦進入戰時狀況，為了防備空襲，知事官邸在和館東南側增建一官邸使用之防空洞，其表面覆以老古石，偽裝良好；幸運的是戰時此官邸並未遭到轟炸與毀損。
四、二戰後公家機關分據佔用時期：（1945-2000年）
二戰後，隨著國民政府所屬機構陸續遷台，該建物（洋館部分）最初曾由鹽警使用，該單位可能為臺灣鹽務管理局警務科或臺灣省鹽務稅警總隊所轄鹽務稅警相關機構，其後約在民國40年以前鹽務稅警遷出後，陸續有民防指揮部、地政事務所、東區區公所等單位進駐與遷出，而多數時候為多個單位共用此一建築之狀況，最後則整棟洋館皆作為軍公教福利中心使用。
資料來源：文化部文化資產局
一、「臺南縣知事官邸」時期（1900-1901年）：
創建之初係計畫用來作為首長官邸「臺南縣知事官邸」，當時之縣知事為今井艮一（任期自1900年至1901年11月）。由於現存臺南知事官邸原始公文中多有今井艮一之簽署核可，可確定臺南知事官邸新建工程可視為其任內相當重要的大型工程。
二、多用途使用時期（1901-1920年）：
1901年11月廢縣置廳以後，臺南廳的首長官邸由此官邸搬遷至附近的「臺南廳長官舍」，當時首任臺南廳廳長為山形修人。此一時期原知事官邸建築係由臺南廳代管，其「日本造（和館）」部分曾借予陸軍使用，而曾轉用為「旅團長官邸」；洋館部分曾作為「臺南廳廳員之讀書俱樂部」…等用途，但其最主要名稱與定位，則為總督至臺南巡視時之「總督臺南官邸」與皇族至臺南巡視時之「御泊所（行館）」。由於此一階段開始其兼有總督官邸與皇族行館之功能，因此包括日本閑院宮戴仁親王夫婦於1908年10月25日與1916年4月21-22日、北白川宮成久王夫婦於1916年10月25-26日、久彌宮邦彥王夫婦於1920年10月24-26日…等皇族訪問臺南時宿泊的行館皆設於此。
三、「臺南州知事官邸」時期（1920-1945年）：
1920年改廳設縣，末代臺南廳長枝德二轉任初代臺南州知事，臺南州的首長官邸再度搬遷回原知事官邸建築，並改稱「臺南州知事官邸」，由此時起曾居住於此之歷任州知事包括枝德二、吉岡荒造、松井榮堯、喜多孝治、片山三郎、永三止米郎、名尾良辰、橫光吉規、今川淵、藤田傊治郎、川村直岡、石井龍猪、一番瀨佳雄、宮木廣大、宮尾五郎等人；此一階段其仍兼有總督與皇族行館之功能，因此包括日本東宮太子裕仁與隨行的伏見宮博義王於1923年4月20日、秩父宮雍仁親王於1925年6月2日、高松宮宣仁親王於1926年4月10日、北白川宮大妃富子於1926年10月29日、朝香宮鳩彥王於1927年11月10-11日、久邇宮邦彥王於1928年4月6-7日、愛國婦人會總裁宮東伏見宮依仁親王妃周子於1929年10月28日、賀陽宮恒憲王於1931年6月13日、伏見宮博英王於1933年7月98日、軍令部總長伏見宮博恭王於1934年9月26日、朝鮮（昌德宮）李垠王於1935年1月23-24日、東久邇宮稔彥王於1937年6月13日…等皇族訪問臺南時宿泊的行館皆設於此。
隨著中日戰爭爆發（1937年）與日本投入二次世界大戰（1941年），臺灣亦進入戰時狀況，為了防備空襲，知事官邸在和館東南側增建一官邸使用之防空洞，其表面覆以老古石，偽裝良好；幸運的是戰時此官邸並未遭到轟炸與毀損。
四、二戰後公家機關分據佔用時期：（1945-2000年）
二戰後，隨著國民政府所屬機構陸續遷台，該建物（洋館部分）最初曾由鹽警使用，該單位可能為臺灣鹽務管理局警務科或臺灣省鹽務稅警總隊所轄鹽務稅警相關機構，其後約在民國40年以前鹽務稅警遷出後，陸續有民防指揮部、地政事務所、東區區公所等單位進駐與遷出，而多數時候為多個單位共用此一建築之狀況，最後則整棟洋館皆作為軍公教福利中心使用。
資料來源：文化部文化資產局