斗六「行啟記念館」的設立，源自於日治時期裕仁皇太子（後來的昭和天皇）「臺灣行啟記念」的事宜。日治時期的首任文官台灣總督健次郎於大正八年（1919）就任，任內原擬邀請大正天皇來台視察，但由於大正天皇病危，所以當時改由裕仁皇太子兼攝政之身份來台視察。
大正十二年（1923）四月十二日裕仁皇太子由日本橫須賀軍港搭乘軍艦出發，十六日抵台並展開視察，二十七日離台。裕仁皇太子離台後，台灣總督府為紀念皇太子視察台灣的事蹟，於五月十八日成立「皇太子殿下台灣行啟記念事業調查委員會」，而台灣各地也陸陸續續展開紀念活動，分別設立行啟記念碑或行啟記念館，而斗六行啟記念館即為當時之行啟記念館之一。

資料來源：文化部文化資產局