座北朝南、在地理上屬坎卦(即子山午向)的建築群，主要依循著中軸對稱、主從尊卑的規制配佈著建築物的格局：最前端為兩側開有牆門的磚造「照壁」，其與第一進的頭門、連同已經破壞的圍牆與義倉，圈圍出了原本應屬寬敞的院落。
面寬五間、中三間為門廳的「頭門」，左右邊間可能供門房所用，有守衛之意:其除了明間闢中門外，左右次間亦設門以配合書院應享的尊位之制。
緊接著頭門之後為一中庭，中庭左側中央推測為「敬字亭」所在:中庭之後則為建築群重心的「講堂」所在，其為第二進，係一座獨立而高大的單座建築，左右各有牆門連接學生居住的護室「學舍」，並與第三進的「廳事」，共同構成了「七包三」的獨特格局。
當時，講堂與廳事所共同圍出的整體空間係為講學生活重心所在，此可從講堂背立面類似凹壽式的處理方式略窺究竟。 除兩邊學舍係採火形山牆承重牆擱檁式構造外，整體建築大體而言屬兩側承重牆與大木架構並用的混合式構造：頭門屋架為「七架用三柱」，撐起具有硬山單脊燕尾式樸實屋頂之講堂的屋架為「十一架前後用五柱」（山牆面較簡單，採「擱檁式」），廳事明間部份為「十架屋前後用四柱」，非僅三者於大通之下皆不施雀替，廳事明間棟梁更不施雕飾，十分簡潔而特殊。
有趣的是，頭門及講堂的牌樓斗栱，全不施「連栱」，每朵「一斗三升」俱是獨立的，大異於清末已迄日治時期大為盛行的三彎或五彎連栱式牌樓作法。
據研究，鳳儀書院之刻工技巧及油漆彩畫等，在在具現了嘉慶年間泉州派工匠之固有特色。鳳儀書院頭門屋脊上仍可見鳳形之鐵條，推測當為鳳凰的泥塑剪黏，顯然與「有鳳來儀」意寓著文風鼎盛的象徵脫不了關係，也可能係與鳳山之名具有某種密切之關係，值得進一步予以細究。

2013年12月01日拍攝於 高雄市鳳山區