總兵署為四進式兩廊式閩南四合院，包括氣勢宏偉的頭門、大堂、川堂、內署、內宅及廂房。有別於其他古蹟以建築構造或裝飾為重，而是以保留前清衙門形式取勝，八十年十一月間由內政部評定公告為台閩地區第三級古蹟。院內榕樹綠葉成蔭，與後院的「金門樹王」老木棉，前後輝映。