鄭成功的兒子鄭經駐守臺灣時，接受部將陳永華的建議，動工興建孔廟，並且成立學校。
至今已三百多年的臺南孔子廟，雖然經過多次的整修，但都能保持原來的規模。唯一可惜的是，在第二次世界大戰時，臺南孔子廟曾遭受飛機轟炸，炸壞了許多屋宇和文物。幸而臺灣光復後，當時的省主席魏道明提議改建，才讓孔廟恢復生機。而我們現在見到的孔廟，則是民國七十四年到七十八年整修過的外貌。
 

武廟俗稱大關帝廟，在赤嵌樓南側，與臺南市之文廟並稱為臺灣地區保存最完整、最壯麗之古廟。始建年代不可考，大約是在明鄭時期與寧靖王府邸相鄰。現今規模為康熙末來所建，雍正五年 (西元1727年) 列入祀典，故稱祀典武廟，每年春秋兩季祭以太牢，是為臺灣地區關帝廟之冠。 

天后宮又稱臺南大媽袓廟，原為明寧靖王朱術桂的府邸。天后宮供奉的主神天上聖母，一般都稱為媽袓或媽袓婆；是臺灣民間信仰最虔誠也最普通的神明。傳說中的媽袓，本名林默，生於宋太袓建隆元年庚申（西元九六○年）三月廿三日，卒於宋太宗雍熙四年丁亥（西元九八七年），享年廿八歲；福建省興化府莆田縣湄洲嶼人，因熟諳水性，以救助海上人家而聞名。羽化後，經常顯靈，為航海人指引方向，被漁民們尊為航海之神。 

1788年乾隆晚年平定林爽文事件，清朝政府把福康安將軍平定過程刻成八塊長方形石碑，碑文以漢文、滿文撰寫。立置放於赤崁樓前的石贔屭上，供人閱覽瞻仰。